Первый курс антибиотиков был очень сильный. С большой степенью вероятности его должно было хватить с головой для излечения от хламидий. Подобный повторный курс может значительно нарушить нормальную микрофлору.
Поэтому лучше лишний раз все проверить, прежде чем начинать повторный курс лечения.